LAS AF программа автоматического контроля для лазерного сканирующего конфокального микроскопа (LEICA TSC SP5). Позволяет управлять всеми настройками микроскопа и осуществлять обработку полученных данных.

Bitplane Imaris является основным научным программным модулем, который предоставляет все необходимые функциональные возможности для визуализации данных, анализа, сегментации и интерпретации данных от 3D и 4D микроскопов. Сочетание скорости, точности и простоте в использовании, Imaris предоставляет полный набор функций для работы с трех-и четырехмерного многоканальными изображениями любого размера, от нескольких мегабайт до нескольких гигабайт. Удобно загружать, обрабатывать и визуализировать данные и изображения, полученные от любого конфокального или широугольного микроскопа.

AutoQuant основная программа для деконволюции изображений от конфокальных и широкоугольных микроскопов. Позволяет получать более полные данные из 2D и 3D изображений, прводить комплекс алгоритмов, по уменьшению шума и повышению четкости и контрастности полученных изображений. Интуитивно понятный интерфейс облегчает работу.

SVI Huygens программа для обработки, деконволюции и анализа, визуализации 2D и 3D изображений полученных с помощью конфокального микроскопа.

UGENE - графический интерфейс для работы с последовательностями, аннотациями, множественными выравниваниями, филогенетическими деревьями, данными секвенирования (NGS) и т.д. Данные могут храниться как локально (на персональном компьютере), так и в общем хранилище (в базе данных лаборатории). UGENE предоставляет возможность потокового анализа большого количества данных с помощью “Дизайнера вычислительных схем”. Вычислительная схема при этом составляется из различных блоков: считывания данных, применения встроенных алгоритмов/инструментов, записи данных. При необходимости, в схему могут быть добавлены блоки произвольных инструментов командной строки, скриптовые блоки и т. п. В дизайнере имеются уже готовые примеры схем (для аннотирования последовательностей, конвертирования форматов, анализа данных секвенирования и другие). UGENE — свободное биоинформационное программное обеспечение и может работать на персональном компьютере с Windows, Mac OS X или Linux.

Программное обеспечение Amira представляет собой мощную 3D-платформу для визуализации данных, полученных при помощи микроскопии, компьютерной томографии, МРТ и многих других методов. Amira позволяет визуализировать данные из различных областей науки, например, из биологии, биохимии, микроскопии, медицины, биоинженерии. 3D-объекты могут быть представлены как объемные изображения или геометрические поверхности и сетки, подходящие для численного моделирования. 3D-данные можно быстро изучить, проанализировать, сравнить и оценить количественно. Есть возможность работать с фотографиями гистологических срезов с целью воссоздания областей интереса в объеме благодаря опции выравнивания и сегментирования.

Laboratory Universal Computer Image Analysis (LUCIA) Cytogenetics 2 – система анализа цитогенетических изображений, предназначенная для кариотипирования и исследования результатов флуоресцентной гибридизации in situ (FISH). Работа возможна в режиме светлого поля и флуоресценции. В программе предустановлены классификаторы кариотипирования для модельных объектов цитогенетики (человек, мышь, кролик, свинья и др.), возможно создание шаблонов для ранее не изученных видов. В распоряжении пользователей ресурсного центра теперь находится мощный инструмент для оптимизации изображений, с помощью которого можно также упорядочивать большие объемы данных и автоматически создавать исследовательские отчеты заданного формата. LUCIA регистрирует изображения с камеры микроскопа, но также работает и с импортированными tiff и jpeg файлами. Результаты работы возможно сохранять в формате многослойного tiff-файла или jpeg-изображения с совмещенными каналами.

Geneious 11 включает в себя мощный и всеобъемлющий набор инструментов для анализа молекулярных данных. Она предоставляет широкие возможности как анализа отдельных последовательностей, полученных с помощью секвенирования по Сэнгеру, так и анализа продуктов секвенирования следующего поколения (NGS), включая сборку геномов по референсной последовательности и сборку геномов de novo. Среди многого другого, в Gеneious есть инструменты для выравнивания последовательностей, поиска похожих последовательностей в базе NCBI с помощью BLAST, поиска вариантов (SNP), а также построения филогенетических деревьев с помощью алгоритмов UPGMA, Neighbour-joining и RAxML.